感谢@shigma 的解决方案，如果遇到同样情况的朋友们可以尝试一下这个操作，具体如下：
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右键状态栏的koishi图标，选择 [高级] → [打开数据文件夹]
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打开instances\default（此处“default”文件夹名为默认koishi实例名，可能有人更改，以实际为准）
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用文本工具打开yarn.lock文件，并搜索
@koishijs/console@npm:，检查自己是否有如下两段连续文本（如下图的"@koishijs/console@npm:^5.16.0":与"@koishijs/console@npm:^5.16.1":）
- 若没有发现相邻的两段内容，那么下面的解法不适用
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发现这两段文本后，整段删掉版本低的那一段文本（我这里是 5.16.0 的部分，即类似图中选中部分的文本，将这段删除），并保存文件。
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右键状态栏的koishi图标，选择 [高级] → [打开终端]
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在弹出的终端窗口运行
koi yarn -n default
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之后，若已是最新版插件，则重启即可；若是回退版本后的的插件，则可以更新依赖。之后应该能正常显示【插件配置】与【依赖管理】了。
如果你这么做有效，那么这种做法将适用于未来的升级失败情况